种子在大气中会自空气吸收水分，同时种子本身的水分也会向空气扩散。当种子相当潮湿时，本身水分向外扩散的速率大于自外面环境吸收水分的速率，因此种子含水率逐渐下降，直到水分释放及吸收的速率达到平衡时种子含水率不再变动，此时称为种子已达到平衡含水率。与干燥相反，当原来种子已相当干燥但是放在较潮湿的大气中时，脱水的速率小于吸水气作用的速率，因此种子含水率逐渐上升，直到平衡含水率为止后不再增加，虽然此时水分的进出仍在进行。
影响种子平衡含水率的第二个因素是温度。温度分别对大气相对湿度及种子的平衡含水率皆会影响。一个维持在标准气压的固定体积及固定温度的系统中，能够含有的饱和水蒸汽是一定的。而当时该系统所拥有的实际水蒸汽量对饱和水蒸汽的比值(×100)即是该温度下的大气相对湿度。若这个系统的其它条件都不变，则温度升高10℃时该系统能够含有的饱和水蒸汽量约加倍，因此其大气相对湿度就约减为半。温度对种子的平衡含水率的影响则是：当种子含水率在较高温度下达平衡时，所达到的平衡含水率较低，反之则较高。第三个影响因素则是种子含油率，在固定的大气相对湿度下，含油率低的种子所达到的平衡含水率较高，反之则 较低。附表2列出一些种子在特定状况下所测出来的平衡含水率。
由以上的叙述可以知道干燥种子的原理就是把种子放在相对湿度较低的环境下，使种子达到较低的平衡含水率。
干燥方法
干燥种子的方法依如何降低大气相对湿度而有所不同。如加热、电热烘干或者阳光晒干、常温干燥、低温低湿干燥等。
长期保存种子的关键因素是控制储存温度和种子含水量。低温保存可以延长大多数常规种子的寿命。最理想的干燥方法是采用低温低湿存储箱。
干燥实验数据
采用低温低湿干燥方法将6 种蔬菜种子的含水量降到5%以下，在常温储存条件下保存10年后进行的发芽试验表明其发芽率与10年前比较没有明显变化，
采用常温干燥的方法对籼稻、粳稻和杂交籼稻3种类型的种子进行超干处理，经过9年室温密闭贮藏后，通过发芽试验，过氧化物酶(POD)和超氧歧化酶(SOD)活性测定表明，粳稻秀水37的种子不适宜室温下长期贮藏，籼稻(浙733)和杂交籼稻(协优46、汕优63)种子在含水量分别降至2.7%和5.0%左右时生活力和活力最高，芽率达到80%左右。其中杂交籼稻种子耐藏性更好，发芽率只下降了8%～9%。但在过高或过低的含水量条件下，种子的生活力和活力均明显下降.POD活性与种子生活力和活力呈正相关.
采用常温干燥和较高温度加温干燥两种方法对玉米(种子进行超干处理，并经七年常温密闭贮藏，通过发芽试验和超氧歧化酶(SOD)活性测定，结果表明，用常温干燥的玉米种子在水分降至4.05%时生活力和活力最高。水分超过7.49%时，便失去生活力。较高温度加温干燥的玉米种子生活力和活力普遍较差，当水分低于5.97%时，发芽率迅速降低为零，无法进行超干贮藏。另以西瓜种子为材料进行常温干燥，发现水分在3.73%时，生活力和活力最高，发芽率为71.5%。而低于或高于这个水分含量，生活力和活力均明显下降。由此可见，采用常温干燥进行超干处理，在一定时期内有利于玉米和西瓜种子的长期贮藏，同时也表明了玉米和西瓜种子不宜过度干燥。
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